unityでマテリアルを扱う場合は、外部の3Dソフトでモデリングし設定されたマテリアルをunityに読込む（インポート）のが普通かと思いますが、それとは別にunity上でマテリアルを作ることができます。

新規のマテリアルを作る

「Creat」から「Material」を選び、できたマテリアルのshaderの種類を決めて、あとは色を設定します。写真の例では単純なDiffuseマテリアルです。

透明なマテリアルを作る

半透明なマテリアルを作りたい場合はshaderを「Transparent」などにして、カラーをRGBつまみの下のアルファを設定することで半透明なマテリアルができます。

他にもshaderの項目でスペキュラーやテクスチャを設定できます。最初からいろんなマテリアルが付いているので、大抵は大丈夫な感じです。それでも足りないという時にはasset storeのマテリアルを購入ですね。細部の内容は本家のリファレンスをどうぞ。
またスクリプトでマテリアルを作ることもできますが、個人的にはカラーなどはその場で見ながらの方がいいし、スクリプトを覚えなくて済むのでので使わないかなと。

マテリアルの切り替え

マテリアルの切り替えは単純にrenderer.materialに代入するだけ。
以下のスクリプトはボタンをクリックすることでマテリアルを切り替えています。「NewCube!」をクリックすることでCubeを生成できます。
（動作させるにはプリミティブのCubeと空のオブジェクトと最低2つのマテリアルがいります）

var prefabcube:GameObject;
var M_ice:Material;
var M_diff:Material;
var MS_cube:Material;

function Start () {	

	//Ground
	var groundcube = gameObject.CreatePrimitive(PrimitiveType.Cube);
	groundcube.transform.position = Vector3(0,0,0);
	groundcube.transform.localScale.x = 1000;
	groundcube.transform.localScale.z = 1000;

	//default Material
	MS_cube = M_ice;
}

function OnGUI () {	

	//Button
	var BT_newcube = GUI.Button(Rect(10,10,120,30),"newCube!");
	var BT_changeM1 = GUI.Button(Rect(140,10,120,30),"Change Material1");
	var BT_changeM2 = GUI.Button(Rect(270,10,120,30),"Change Material2");

	if(BT_newcube){
		cuberain();
	}
	if(BT_changeM1){
		MS_cube = M_diff;
	}
	if(BT_changeM2){
		MS_cube = M_ice;
	}
}

function cuberain() {
	var incube : GameObject = Instantiate(prefabcube, transform.position, transform.rotation);
	incube.AddComponent(Rigidbody);
	incube.renderer.material = MS_cube;
}

unityをサイトに埋め込んだらかなり重くなってしまったので、これからは別ページに表示させることにしました。

【マテリアル切り替えサンプル】

物理演算は楽しいなぁ。